Δημοφιλείς Αναρτήσεις

Επιλογή Συντάκτη - 2019

Δημιουργία προτύπων για την αλληλούχιση των ιογενών γονιδιωμάτων: Ο στρατός οδηγεί σε συνεργατική προσπάθεια

Anonim

Οι επιστήμονες στο Αμερικανικό Ινστιτούτο Ιατρικών Ερευνών του Ινστιτούτου Μολυσματικών Νόσων (USAMRIID) πρότειναν ένα σύνολο προτύπων που αποσκοπούν στην ανάπτυξη μιας κοινής «γλώσσας» μεταξύ των ερευνητών που εργάζονται για την αλληλούχιση των ιογενών γονιδιωμάτων και χαρακτηρίζουν τα ιικά αποθέματα.

διαφήμιση


Σύμφωνα με τον ανώτερο συγγραφέα της USAMRIID Gustavo Palacios, το προτεινόμενο σύστημα, που δημοσιεύτηκε ως άρθρο στο περιοδικό mBio, είναι το αποτέλεσμα μιας συλλογικής προσπάθειας με τη συμμετοχή επιστημόνων από πολλά από τα κορυφαία ιδρύματα παγκοσμίως. Οι συνεισφέροντες περιλαμβάνουν το ευρύ ινστιτούτο, το Ινστιτούτο J. Craig Venter, το Εθνικό Εργαστήριο του Los Alamos, το Εθνικό Ινστιτούτο Αλλεργίας και Μολυσματικών Νόσων, το Πανεπιστήμιο του Maryland και το Πανεπιστήμιο Johns Hopkins.

"Ένα από τα βασικά μας επιτεύγματα ήταν να καθίσουμε όλοι στο ίδιο τραπέζι και να συμφωνήσουμε σε κάτι σημαντικό", εξήγησε.

Το γονιδίωμα είναι το γενετικό υλικό ενός οργανισμού, το οποίο κωδικοποιείται είτε στο DNA είτε, για πολλούς τύπους ιών, στο RNA, σύμφωνα με τους συγγραφείς. Το γονιδίωμα περιλαμβάνει τόσο τα γονίδια όσο και τις μη κωδικοποιητικές "αλληλουχίες" του DNA ή του RNA, οι οποίες περιέχουν τις πληροφορίες που είναι απαραίτητες για τον αναδιπλασιασμό και τη μετάδοση του ιού. Επομένως, ο καθορισμός της αλληλουχίας παρέχει χρήσιμες πληροφορίες που μπορούν να εφαρμοστούν σε οποιοδήποτε αριθμό ιατρικών και επιστημονικών κλάδων.

"Χάρη στις τεχνολογίες υψηλής ανάλυσης αλληλουχίας, η αλληλούχιση γονιδιώματος έχει καταστεί κοινή συνιστώσα σχεδόν σε όλες τις πτυχές της ιογενούς έρευνας, συμπεριλαμβανομένης της μοριακής επιδημιολογίας, της ανάπτυξης φαρμάκων και εμβολίων, της παρακολούθησης και της διάγνωσης", δήλωσε ο Παλαιός. "Έτσι, βιώνουμε σήμερα μια έκρηξη τόσο στον αριθμό των διαθέσιμων ακολουθιών γονιδιώματος όσο και στον αριθμό των ιδρυμάτων που παράγουν τέτοια δεδομένα".

Ωστόσο, ενώ υπάρχει μεγάλη αλληλούχιση του ιικού γονιδιώματος, "δεν υπάρχει επί του παρόντος ενοποιητικό πλαίσιο, κανένα κοινό λεξιλόγιο για το πώς« τελειώνει »ένα συγκεκριμένο γονιδίωμα ιών», δήλωσε ο πρώτος συγγραφέας του βιβλίου, Jason Ladner, Ph.D ., USAMRIID. Το επίπεδο φινιρίσματος καθορίζει την καταλληλότητα ενός γονιδιώματος για διάφορες μεταγενέστερες εφαρμογές, συμπεριλαμβανομένου του σχεδιασμού διαγνωστικών, συστημάτων αντίστροφης γενετικής και ανάπτυξης αντιμέτρων.

Η ομάδα ελπίζει να γεμίσει αυτό το κενό περιγράφοντας πέντε «τυποποιημένες» κατηγορίες που καλύπτουν όλα τα στάδια του φινιρίσματος του ιικού γονιδιώματος και καθορίζοντας τις κατηγορίες χρησιμοποιώντας απλά κριτήρια που ισχύουν ανεξάρτητα από την τεχνολογία που χρησιμοποιείται για την αλληλούχιση.

«Επειδή η τεχνολογία μπορεί να σταματήσει γρήγορα, θέλαμε τα πρότυπα να είναι« αγνωστικιστικά »- που σημαίνει ότι δεν είναι συνδεδεμένα με μια συγκεκριμένη πλατφόρμα - έτσι ώστε να μπορούν να συνεχίσουν να είναι συναφή με την πάροδο του χρόνου», εξήγησε ο Ladner.

Αυτός και ο Παλαιός πιστοποιούν την ικανότητα του ομίλου να σχηματίσει συναίνεση γύρω από αυτές τις πρότυπες κατηγορίες γονιδιώματος, οι οποίες θα παράσχουν ένα πλαίσιο που θα μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε όλα τα πεδία έρευνας που αφορούν ιούς. Επιπλέον, τα πρότυπα θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν από δημόσιες αποθήκες αλληλουχίας και από ομοσπονδιακές υπηρεσίες που εγκρίνουν και ρυθμίζουν προϊόντα που σχετίζονται με ιούς, συμπεριλαμβανομένων των διαγνωστικών, εμβολίων και θεραπευτικών.

διαφήμιση



Ιστορία Πηγή:

Υλικά που παρέχονται από το Αμερικανικό Ινστιτούτο Ιατρικών Ερευνών του Ινστιτούτου Μολυσματικών Νόσων . Σημείωση: Το περιεχόμενο μπορεί να επεξεργαστεί για στυλ και μήκος.


Βιβλιογραφία :

  1. JT Ladner, Β. Beitzel, PSG Chain, MG Davenport, Ε. Donaldson, Μ. Frieman, J. Kugelman, JH Kuhn, J. O'Rear, PC Sabeti, DE Wentworth, MR Wiley, G.-Y. Yu, S. Sozhamannan, C. Bradburne, G. Palacios. Πρότυπα για την αλληλούχιση των ιογενών γονιδιωμάτων στην εποχή των αλληλουχιών υψηλής απόδοσης . mBio, 2014; 5 (3): e01360-14 DOI: 10.1128 / mBio.01360-14